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Armitage趋势检验是对皮尔逊卡方统计量的一个修正方法，其matlab编程如下：

for i=1:56326
   b(i,1)=[(a(i,1)+a(i,2)+a(i,3)+a(i,4)+a(i,5)+a(i,6))*[(a(i,1)+a(i,2)+a(i,3)+a(i,4)+a(i,5)+a(i,6))*(2*a(i,1)+a(i,2))-(a(i,1)+a(i,2)+a(i,3))*(2*a(i,1)+a(i,2)+2*a(i,4)+a(i,5))]^2]/[(a(i,1)+a(i,2)+a(i,3))*(a(i,4)+a(i,5)+a(i,6))*[(a(i,1)+a(i,2)+a(i,3)+a(i,4)+a(i,5)+a(i,6))*(4*a(i,1)+a(i,2)+4*a(i,4)+a(i,5))-(2*a(i,1)+a(i,2)+2*a(i,4)+a(i,5))^2]];
end
fid=fopen('F:\结肠癌数据\55.ped','w');
[m,n]=size(b)
 for i=1:1:m
    for j=1:1:n
       if j==n
         fprintf(fid,'%f\n',b(i,j));
      else
        fprintf(fid,'%f\t',b(i,j));
       end
    end
end
fclose(fid);

其中前三行为计算卡方值，后面的命令为由matlab文献格式到文本格式的转化。

chi2cdf 命令来转化卡方值到P值。