东汉末年，皇帝昏庸，外戚和宦官交相争权，统治极为黑暗。许多正直的官员和太学生与宦官集团进行了激烈的抗争，结果遭到了残酷的镇压，导致了两次“党锢之祸”，学术力量严重被削弱。随着汉帝国的分崩离析，群雄割据，三国纷争，战乱不休，生民涂炭，统治者无暇顾及精神文明建设，像郑玄这样的经学大师也落得只能投奔袁绍作宾客来糊口。到了曹魏正始年间诏议祭天仪式，在京师居然找不到几个明白人，那时候朝堂公卿以下四百余人，能写出像样文章的连十人都不到。两汉经学在连天烽火中迅速衰落。

　　不过天下的混乱，倒是成就了一个地方，那就是荆州。这个地方看过《三国演义》的人都熟悉，我们还要再讲一个大家熟悉的人物——刘表。刘表其实不像《三国演义》中描写得那么庸碌无能，他也是个学者，写过关于《周易》、《礼》的著作，更曾经是与宦官集团作斗争的领军人物之一，因此“党锢之祸”中也受过迫害。黄巾起义爆发后，党锢解禁，刘表复出，后来任荆州牧，在他的治下荆州成了一片净土，政治稳定、社会安定，与其他地方的混乱形成了鲜明对比，这里便成了学者的避难所，“关西、兖、豫学士归者，盖有千数”。诸葛亮当年就是跟着叔父诸葛玄这么来的荆州。拥有了这么好的学术资源，刘表于是“起立学校，博求儒术”，从而荆州学派异军突起。

　　荆州学派一去两汉经学的烦琐学风，重视探究义理，发展了古文经学，吸收了道家思想，为魏晋思想的变革做了准备。曹操平定荆州后，很多荆州名士被曹操网罗北上，使北方的文化学术气息发生了变化。

　　荆州学派的核心人物是宋衷，名气不大，但他有个学生王肃在魏晋时期却很出风头。王肃奋力挑战当时经学界最权威的郑玄之学，也注解了一大堆的经书，他的注解标新立异，处处与郑玄的注解作对，经常郑玄采今文之处，王肃即采古文，反之郑玄采古文，王肃即采今文。他还专门弄出了一部《圣证论》来集中批评郑学。于是便出现了郑学与王学之争。

　　这种大力攻击权威的成名之路，在中国历史上直至今日都是屡试不爽。不过，这也不代表是个人就能成功，王肃除了确有功底外，还有很强大的背景支撑。王肃是曹魏开国元勋王朗的儿子，袭父爵为兰陵侯，官至中领军、散骑常侍。他最占便宜的是生了个好女儿，嫁给了司马昭，于是他便成了司马懿的亲家、司马昭的岳父、晋武帝司马炎的外公。司马家是干什么的就不用说了吧？在司马氏当权后，王学受到大力扶持，王肃所注的《尚书》、《诗》、《论语》、《左传》、三礼，都立于学官，司马氏立国以后王学更是盛行，直至东晋南北朝时期，郑学才东山再起，压倒王学。

　　王肃虽然风光一时，但后世的名声却不太好，因为他身为魏臣，却依附司马集团，帮着司马家打击异己。这跟投身王莽篡汉活动的古文经学大师刘歆在历史上留下骂名如出一辙。

　　王学与郑学的对立，其实仍然都属于章句训诂之学，仍是两汉经学的一种延续。而就在郑学、王学斗争正酣之际，整个学术风气已经悄悄发生了很大变化。

　　随着汉帝国的崩溃，知识分子的内心世界也崩溃了。汉末统治黑暗，忠直受屈，奸邪当道，随后又是曹魏篡汉，司马篡魏，儒家的道德操守受到很大的冲击。世道混乱，社会动荡，很多人选择了消极厌世、任情放诞的生活态度。随着大一统帝国崩溃的还有“独尊儒术”的学术格局，道、法、名、兵各家再度崛起，适应当时士人心态的道家思想尤为风行。曹魏正始年间，兴起了一种崇尚老庄，研究玄远幽深问题，调和儒家与道家的一种哲学思潮——玄学。玄学最重“三玄”，即《老子》、《庄子》和《周易》。

　　玄学在魏晋时期是显学，当时的学者几乎没有不谈玄说理的，这个时期的经学也就不可避免地会沾上玄学的色彩，这也就是人们常说的魏晋经学的玄学化。

　　经学玄学化的过程中，何晏、王弼两个人扮演了非常重要的角色。从经学研究范围的来看，他们两人的只限于《论语》和《周易》，跟前代的郑玄和同时代的王肃那种遍注群经是无法相比的。但从注经形式与方法上说，他们完全突破了自汉以来直至郑学、王学所坚持的训诂经学传统和思维模式，不再沉溺于通过经文章句的烦琐注解来寻找圣人的“微言大义”，而更多发挥注经者本人的见解，重在对经典义理加以阐释，寻找经典的形上意义。何晏的《论语集解》和王弼的《周易注》就都是这种玄学化的义理经学的代表作品。

　　何晏与王弼都才华横溢，在当世影响很大，但二人却皆命运多舛，何晏在“高平陵事件”中被司马懿杀了，王弼二十四岁就病死了。

　　魏晋时期在经学史上有着重要的地位和独特的风格。此时期何晏的《论语集解》、王弼的《周易注》、杜预的《春秋经传集解》、范宁的《春秋榖梁传集解》、郭璞的《尔雅注》都成了后世经书的标准注本。而汉代今、古文经学家们的注解则只有郑玄笺的《毛诗》、郑玄注的三礼，何休解诂的《春秋公羊传》仍然作为标准注本留了下来。

　　到了南北朝时期，经学也随着政治上的南北对立而分立为南学和北学。大体上南方继承魏晋学风，受玄学影响较大；而北方保持汉代经说的传统，很少受玄学影响。这个时期，在经书的注解形式上又有了创新，那就是义疏的出现，即对经书进行系统全面的疏解、串讲，这是受当时日益兴盛的佛教影响所致。