弊端之一，是负责公益广告的执行与管理的公共传播主体的空洞化。我国目前的公益广告机制中的核心和主导力量无疑是政府，但在政府的行政指导之下缺乏切实负责公益广告的实施和执行的管理主体，媒体被迫承担公益广告的组织职能，造成公益广告管理的虚化。
1996年2月12日，全国人大常委会副委员长陈慕华在中广协新春联谊会上发表重要讲话，“除了宣传商品以外，广告界还应为社会尽些责任，为树立良好的社会风尚做些贡献。”并提出倡议，每个广告公司每年都贡献一条公益广告[i]。紧接着，1996年6月18日，国家工商局发出《关于开展“中华好风尚”主题公益广告月活动的通知》。通知强调，要动员广告量较大的广告主积极出资制作和发布公益广告；专业广告公司应至少制作一件公益广告；其中有较强实力或有影视广告制作范围的，应制作一部电视公益广告；广告发布者应积极为公益广告提供时间或版面；广告月期间，省级以上电视媒介每天黄金时间播出公益广告不应少于一条，其它时间应不少于两条，省级以上报纸明显版位每周刊出公益广告应不少于一条，其他版位应不少于两条，广播期刊省级以下电视报纸以及户外媒介发布公益广告的数量，由省级工商局提出要求。自此之后，从1997年的“自强创辉煌”公益广告月的通知，到如今2007年的“迎奥运、讲文明、树新风”公益广告大赛的发起，政府相关部门几乎每年都有针对公益广告的行政指令或倡议发出。然而，我们也应该看到，我们政府的公益广告相关部门更多地是将精力放在组织筹划的宏观公益广告活动上，而对于执行层面存在的问题并没有给予足够的重视，也缺乏对于我国公益广告发展的长远发展规划。由此，便造成了我国公益广告的表面形式重于实际内容，盲目性有余而规划性不足的状况。
而从公益广告的管理层面来看，由于体制问题所造成的政府部门多头管理的局面也已经严重制约着我国公益广告的发展。例如，宣传部门、工商部门、新闻出版部门、文化部门，甚至一些地方的党委宣传部，精神文明办公室，城市建设管理及街道管理委员都有责任来管理公益广告，但它们却又都不是公益广告管理的法定部门。每一个部门的标准不同，每一个部门的执法要求也不一样，自然造成职责不清、部门权力利益化、互相推诿的作风，好事争着管，坏事无人管。分散无序的管理体制导致没有一个真正可以负责的部门，从而难以建立协调统一的公益广告的行业运作方式。
虽然有政府的行政指导，但在公益广告的执行过程中，却是处于散漫而自发的状态。除2001年由于特殊原因哈药大规模进行公益广告的投放外，在中国公益广告的发展过程中，媒体实际上扮演了一个主导性的角色，承担了公益广告执行的许多功能。由于中国社会的特色，媒体长期以来一直在广告业中处于强势地位。根据政府的号召以及媒体自身出于公益意识和宣传目的对一些公议主题的确定，媒体组织企业出资，动员广告公司制作，然后由媒体自身发布。而媒体能够具有这样的影响力的原因是媒体会通过各种方式，给予这些企业和广告公司直接或间接的回报。由于媒体自身也是经营性的实体，公益广告使用传播效果好的资源，当然会减少媒体的收入，所以媒体在具体的运作过程中，出现了垃圾性的版面或时间充斥公益广告的现象。而在媒体处于强势地位的时候，媒体会尽可能地自觉承担起公共传播的职责，减少或避免商业性对公益广告的渗透。而从出资的企业来说，除公益意识之外，之所以为公益广告出资更多地考虑的是对自身品牌传播的需要，以及同媒体和政府进行公关沟通。从广告公司的角度而言，除一部分公益心较强的广告公司，比如捷先广告公司，以及一部分由于拥有特殊资源而经营压力较小的广告公司，如广而告之广告公司，更多的广告公司由于经营压力大，而且公益广告的资金较少，不用考虑广告的效果，所以主要是把公益广告的创意制作当作份外之事来看待。而在目前的这种运营机制中，并没有如何评估公益广告效果这样一个明确的环节。公益广告只要播出，就已经完成了政府和社会所赋予的任务。这种公共传播主体的空洞化导致了大量公益广告粗制滥造，加之经常在垃圾时段或版面发布，造成公益广告的无效果播出，一个严重的后果就是公益广告这种公共传播资源的巨大浪费。
弊端之二，是目前公益广告形态的商业性与免费占有公共传播资源的矛盾，将会越来越影响公益广告的健康发展。在经营的压力下，公益广告日益成为媒体吸引客户的商业资源，最终有可能导致企业与媒体合谋侵占公共传播资源。
在某种意义上，中国目前很少真正的作为公共传播的公益广告，大部分是与意见广告类似的企业公关形象广告。因为这些公益广告的最后，都会出现出资企业、媒体甚至广告公司的名称和标识。即企业署名公益广告。在公益广告发布的同时，这些企业或广告公司的知名度和美誉度也会相应提升。所以，这些公益广告都带有无法避免的商业性。
就我国的状况而言，由于我国经济发展水平和公益意识的制约，我们的大多数企业公益意识淡薄，社会责任感不强，未能领会到自觉奉献、无偿馈赠以回报社会的观念，参与公益广告的积极主动性不够。同时，由于我国的消费者的公益意识也待提高，对企业在公益活动中的表现及对社会及消费者的奉献回馈也没有给予充分的重视，因而没有给企业形成投身公益事业的压力，所以，企业对待公益事业和公益广告的态度就相对比较冷淡。鉴于此种情况，加之公益广告制作和播出费用的逐年上升，1994年初，中央电视台采取了节目片尾打企业名称的办法，以吸引企业投资，解决制作经费不足的矛盾，并逐渐演变成了我国公益广告的主要形式，即“企业署名公益广告”。
不可否认，企业署名的公共关系公益广告虽然带有一定的商业性，但事实上，在特定的条件下，无疑是符合国情并具有可行性的。在公益广告发展的早期，要求企业纯粹以社会公益为己任是不现实的，参与赞助公益广告的企业虽然怀有利他主义意识，但还是要求取得相应的市场回报，而在公益广告上署名，是对企业最直接、最有效、最易行的回报方式。在公益广告制作经费匮乏的情况下，通过这种方式，吸引企业来对进行投资，可以解决公益广告制作费用不足的问题。因而，在公益意识薄弱的阶段，公共传播只有利用这种形式才能生存并产生影响，否则象现在这种类型的公益广告也不会发展起来。也正是从这个意义上来说，这种模式是有其历史合理性的。
鉴于企业署名公益广告的推广，为了加强管理，1997年中共中央宣传部、国家工商行政管理局、广播电影电视部、新闻出版署联合发出《关于做好公益广告宣传的通知》。其中第三条规定：电视媒介在19：00—21：00时间段每套节目发布公益广告的时间应不少于该时段发布商业广告时间的3%。第八条规定：电视公益广告标注企业名称显示时间不应超过5秒，标注面积不超过电视广告画面的1/5。在其他平面媒体中也有相关的规定。
如果说，在过去一段时间，企业署名公益广告对中国公益广告的发展是利大于弊，由于市场环境和媒体环境的变化，企业署名公益广告所带来的公益广告形态的商业性与免费占有公共资源的矛盾将会越来越突出，其弊端也会日益明显。关键在于媒体地位的变化。在媒体强势的阶段，媒体由于其自身经营压力较小，而能够以其自觉的公益意识而在公益广告的运营中起到对公益广告的商业性的制衡作用。比如，如果企业在媒体投放广告，必须为公益广告的制作承担一定数量的费用，同时媒体可以对企业在公益广告发布时所提的过度要求与以拒绝。而由于以网络为代表的新媒体的冲击，以及传统的大众媒体的白热化甚至恶性的竞争，目前媒体在广告业中的地位已经发生了变化，在广告公司、媒体和广告客户（企业）三方面的关系中，强势的位置已经逐渐由广告客户（企业）所占据。如何争取客户在自己的媒体投放，成为媒体自身生存的头等大事。在这个背景下，由于目前的公益广告形态所具有的商业性，公益广告已经成为媒体吸引客户的商业资源。为了吸引客户在媒体投放更多的广告，媒体经常以在黄金时间或版面为客户免费投放公益广告为诱饵，使企业获得免费扩大宣传效果的机会。由于媒体具有优质传播效果的免费的公益广告的资源有限，某些公益广告的时间或版面甚至成为寻租的对象，导致了媒体和企业的暗中交易。而由于媒体在广告客户（企业）面前的相对弱势，媒体对企业用于公益广告制作费用多少的影响力也在下降。首先，媒体的公益广告资源成为媒体对广告客户回馈的商业资源，这是对公共传播资源的侵占，由此导致由于没有在媒体投放大量商业广告，一些确实有公益意识的企业出资制作的优秀公益广告无法利用媒体进行有效传播。同时，这加剧了媒体市场的混乱，由于寻租所形成的暗中交易刺激了媒体腐败的发生，最终会影响媒体和公益广告的形象。而由于媒体对企业在公益广告制作费用上的影响力降低，公益广告的资金将会成为公益广告运营中最不确定的因素，最终影响中国公益广告的稳定发展。
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