1619年11月10日，这一天，笛卡尔想到了一个问题：数学方法可以推广应用到其他学科。他说，我苦思冥想，终于悟出了万物都可归结为数学的道理。数学探讨的是秩序与度量，而无论是数字、图形、星座、声音或是其它任何事物，都有一个度量的问题。我从而认识到，一定有一门概括性的科学来整体的解释这种引秩序和度量问题的现象。我发现这门科学即是广义的数学。这样一门科学应该包括人类理智的精华，它的范围应该包括每门学科可靠结论的取得。[1]

笛卡尔的这一言论在近代科学发展史上极为典型，它不仅预示着科学方法论的取向，更是一种文化观或文明观的体现。自古希腊理智主义开始，历经中世纪的经院哲学，直至近代，唯科学主义获得了具体而明确的表达形式。

近代第一个创体系的哲学家是英国的弗朗西斯培根，从批判经院哲学开始，培根针对亚里士多德的演绎逻辑，概括自然科学特别是物理学的成就，创立了经验主义方法论。在他看来，感觉是完全可靠的，是一切知识的源泉。科学是实验的科学，科学就在于用理性方法去整理感性材料，从感觉与特殊事物中把公理引申出来，然后不断地上升，最后达到最普遍的公理。

在培根之后，霍布斯断言“宇宙是物体的总和”[2]。在他看来，物体和运动是宇宙终极的实在。它们是万物、甚至感情和思想的基础，因而也是一切知识的基础。沃尔夫指出，伽利略和笛卡尔以及某种程度上甚至还包括培根，都试图用物质和运动来解释物质世界。霍布斯超越了他们，他试图把包括精神世界和物质世界的整个宇宙都作类似的解释。[3]在霍布斯看来，决定物体之所以为物体的根本特性是广延性，而物体的运动就是机械运动，即一个物体由此及彼的位移。霍认为，心灵中没有概念，概念不是原来就有的，一切知识和概念都是从感觉中获得的，最初都来自物体的作用。另外，霍布斯还将这种机械原则应用于具体的社会和国家学说中，他认为，人类的行为同样受机械运动规律的统治，这种运动通过愉快和愿望、恐惧和痛苦来发挥其影响；人的价值观就屈从于物体的刺激。这种受机械规律支配的国家或社会类型，就是他所说的“利维坦”。

与霍布斯的机械唯物主义相区别，笛卡尔在倡导理性批判精神的同时，以普遍怀疑为工具，谋求在经院哲学之上重建形而上学。“我思故我在”是笛卡尔的著名命题，这是基于不可质疑的东西即怀疑本身而发展出来的，怀疑是思维，而思维意味着思维者。由此，笛卡尔把思维者即自我确立为一切知识的基础。自我或自我思维的真正本质是反思。在笛卡尔这里，反思即自我反思，是自我与自我的映现之间的映射关系，是自我对自身的关注和沉思，是对自我确定性的追求；它不需要任何地点以便存在，也不依赖于任何物质性的东西。

近代科学在培根和笛卡尔之后，获得了一种信念，即能够揭示自然的奥秘，从而成为自然的主人和征服者，而这种信念又是在牛顿时代真正成为了可能。沃尔夫指出：“近代科学先驱者的哲学思想大都在牛顿那里重现。但是，各种思潮的真正汇合，必需某种程度的相互适应。牛顿正是完成了这个工作，而且他的贡献还不止于使不同的哲学倾向相互适应。”[4]也许牛顿为众皆知的是他的三大定律，但在科学精神上，他更倾向于培根、波普尔和洛克的经验主义。牛顿将数学演绎与经验证实两种方法结合起来，形成了实验证实的方法，即“四条哲学推理的法则”：

1．除那些真实而已足够说明其现象者外，不必去寻求自然界事物的其它原因；2.所以对于自然界中同一类结果，必须尽可能归之于同一种原因；3.物体的属性，凡既要不能增强也不能减弱者，又为我们实验所能及的范围内的一切物体所具有者，就应视为所有物体的基本属性；4.在实验哲学中，我们必须把那些从各种现象中运用一般归纳而导出的命题看作是完全正确的，或者是非常接近于正确的；虽然可以想象出任何与之相反的假说，但是没有出现其它现象足以使之更为正确或者出现例外以前，仍然应当如此对待。[5]

沃尔夫说，“尽管他怀有强烈的经验感，但牛顿仍知道怎么把实验同数学分析和演绎结合起来以获得意义深远的结果。这种幸运的结果在很大程度上是由于他清楚地认识到，关于现象的精确规律的知识甚至在没有任何关于这些现象的终极本质的真正知识的情况下，也可能是非常可贵的。”[6]因此，可以说，牛顿的这种实验证实、经验归纳、因果律的研究思路是对培根、笛卡尔等一系列思想家创造的科学方法较为系统的总结。

十七世纪的欧洲，尽管人文学科，尤其是历史学已在知识版图上开疆拓土，但话语风向标仍指向自然科学。这就是为什么培根不去探究记忆和想象何以成为历史学与诗歌的方法论基础，笛卡尔也明确地说所谓“新方法”只适用于哲学以及它的三个主要部分上：数学、物理和形而上学。从这些理论碎片中，可以看出，笛卡尔式的二元论哲学实际上不仅造成了本体论意义上的主体与客体的分裂，而且在知识论和科学方法论上也造成了自然科学与人文社会科学的对立。