和中国其他大部分城市一样，哈尔滨信奉佛教的人数最多，但基督教的人数上升最快。
佛教
- 极乐寺：南岗东大直街1号，1924年建成，汉族地区全国重点寺庙和省重点文物保护单位。
- 普照寺：极乐寺塔院东侧，1986年建成。
- 华严寺：比乐街27号，1922年兴建，1937年6月6日建成，市级一类保护建筑。
伊斯兰教
- 道外清真寺（清真东寺）：道外南十二—十三道街，始建于1897年,1935年重建，市级一类保护建筑。
- 太平清真寺：太平区，建成于1939年，1989年6月重建。
- 香坊清真寺：香坊区，嵩山路副4号。
- 平房清真寺：平房区，平新镇三家子。
- 鞑靼清真寺：道里通江街78号，1922年重建，市级一类保护建筑。
基督教
- 哈利路亚教堂：香坊区油坊街，新建，是黑龙江省最大的教堂。
- 南岗教堂：南岗区东大直街，原来是德国侨民的大直街德国路德会教堂，建于1916年，市级一类保护建筑。
- 道里教堂：新阳路110号，原基督复临安息日会俄侨礼拜堂，建于1924年，市级三类保护建筑。
- 道外教堂：道外北六道街，原浸信会教堂，建于1936年。
天主教
- 东大直街耶稣圣心主教座堂：南岗区东大直街211号，原波兰天主堂，2004年重建，塔尖高51.6米。
- 士课街圣母无染原罪堂：南岗区士课街211号，原来是东正教圣阿列克谢耶夫教堂，1930－1935年重建。市级一类保护建筑。
- 圣若瑟堂：道外区江畔路98号（原南勋六道街道外天主堂现在是幼儿园）。
- 呼兰天主教堂：呼兰区。
东正教
1930年代，哈尔滨曾有25座东正教堂。1950年代俄侨大批离境后大部分被关闭。文革期间，位于喇嘛台广场中央的哈尔滨圣·尼古拉教堂和松花江边的哈尔滨圣母领报教堂等被毁。现在残存的东正教堂建筑还有大约10座。但至今只有1处恢复了东正教宗教活动，士课街圣阿列克谢耶夫教堂改为天主教堂，圣·索菲亚教堂则改为建筑博物馆。
- 圣·索菲亚教堂：典型的拜占庭式东正教堂，是在中国境内以及俄罗斯远东地区规模最大的一座东正教堂。1997年修复，现为建筑博物馆。
- 圣·尼古拉教堂：文革期间被毁。
- 哈尔滨圣母领报教堂：文革期间被毁。
- 哈尔滨圣母守护教堂（圣母帡幪教堂）：位于东大直街，1930年12月14日建成，拜占庭式样的中型教堂。1984年10月14日重新开放。
- 圣·伊维尔教堂：位于道里区工厂胡同，1908年建，服装厂占用，市级II类保护建筑。
- 哈尔滨圣母安息教堂：南岗东大直街，1908年建，今哈尔滨游乐园入口展厅，市级一类保护建筑。
犹太教
- 犹太总教堂：道里通江街，1907年建成，1931年重建，今车辆厂招待所，市级二类保护建筑。
- 犹太新教堂：道里经纬街88号，1918年建，今东方娱乐城。
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