南京作为雨花石文化主要发源地，有三个地域极为重要：一是雨花台。雨花台关于云光法师讲说佛法感动天地而天降雨花的传说，将雨花石文化打上了佛教文化的烙印。此外，民国以来，之于雨花台的特殊历史因素，人们将之与烈士热血相联系，赋予雨花石文化以崭新的时代内涵。
二是六合区（县）。六合对于雨花石文化的贡献在于历史记述丰富、产量大、群众基础广泛，推动力也大。六合地方志中多处记述雨花石的出产、买卖、收藏、鉴赏，《六合石子》（孔尚任）、《万石斋灵岩石谱》等诗作和赏石著作都与六合相关，更有六合县令、晚明四大书画家之一的米万钟，不但亲自到灵岩山玛瑙涧采石，还“自悬高价，广收奇石。”对六合民间采石、赏石、卖石、藏石之风推波助澜。当今六合区当局更是百尺竿头，以举办雨花石文化节、申报“中国观赏石之乡”、编著雨花石专题志书等举动，力图使其走向全国、走向世界、走向未来，大有“石破天惊”之势。就象宣纸的真正产地不在宣城而在泾县、哈密瓜的真正产地不在哈密而在鄯善一样，雨花台早已难寻雨花石踪迹，六合人因此而争抢雨花石故乡之名之举也确实在情理之中了。
三是鼓楼区。雨花石文化的历史悠久性有多处突出的表现。《列子》有言“天亦物也，物有不足，故昔女娲氏炼五色之石以补其阙。”这里所说女娲补天之“五色之石”，与雨花石的纹理和色彩完全契合。据有关专家考证，《红楼梦》中“大如雀卵，灿若明霞，莹润如酥，五色花纹缠护”的“通灵宝玉”，其实就是一枚旷古罕见的雨花石珍品。除此以外，真正将雨花石文化历史推向极致并有实物佐证的是，二十世纪五十年代，南京鼓楼区鼓楼岗北阴阳营文化遗址发掘出土的七十六枚有人为玩赏痕迹的雨花石子，将雨花石的收藏历史向上追溯到五千多年。
据南京博物馆编著的《北阴阳营——新石器时代及商周时期遗址发掘报告》一书记述，南京市北阴阳营遗址的发掘工作中，发现了76粒“花石子”，发掘报告中是这样写的：“‘花石子’，76粒。都是自然砾石。但这些石子不产于遗址所在的鼓楼岗一代，而是产于南京南郊雨花台区一带。质地多为玉髓，出土物中不乏色彩斑斓、花纹绚丽者，显系当时人们有意识地在他地采集而来，其用途或可供玩赏，有的出现在死者口中，也许具有某种原始宗教意义……”现藏于南京博物院的这76粒“花石子”均为玛瑙质和玉髓质的，粒径约在3－4厘米之间，与现在出产的及人们赏玩的雨花石无异。北阴阳营人生活在距今约5800年至5500年的新石器时代，当时的雨花石也和现在一样，并非俯拾即得，而必须经过艰辛挖掘，沙里掏“石”，石中选珍，方可得到这为数不多的色彩斑斓的“花石子”，可见，当时寻觅美丽的雨花石已是先民们一种强烈的观赏爱好和美的追求。
南京鼓楼区北阴阳营文化的发掘发现，雄辩地说明：早在5000年前我们的祖先就在南京这块古老的土地上赏玩雨花石了，雨花石是当之无愧的世界上最早的观赏石。所以，鼓楼对于雨花石文化历史有着特殊的贡献，这种贡献对于中国乃至世界雅石文化都有着十分重要的意义。
上图为南京博物院藏南京鼓楼区北阴阳营考古发掘出土的新石器时代人类玩赏过的部分雨花石
右图为1955~1958年南京市鼓楼区鼓楼岗北阴阳营考古发掘现场
