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R语言 Bioconductor包的安装指南

(2012-09-15 19:11:55)
标签:

bioconductor

生物信息学

基因组学

生物学

r语言

分类: R语言

转自 http://www.r-china.org

http://r-china.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58&extra=page=1

 

一:安装基本的Bioconductor组件
在BioC的官方网站上,存放着Bioc包的安装脚本,biocLite.R, 每次需要安装BioC的包之前,我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令,可以是本地文件,可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

biocLite()

biocLite()是安装函数,相当于R中的常用的install.package命令,如果不传递需要安装的包的名称,那么则安装如下的组建。 affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate, Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter, geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest, vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后,会打印 “Installation complete” 和 TRUE.

同时biocLite()也有其他的参数,控制安装。
pkgs    字符,指定需要安装的包

destdir    文件系统路径
lib    安装包的库

二:安装额外的包

除了一种所描述的默认安装的包之外,R和Bioc有非常多的其他的包供安装,bioc包的分类参见[color=rgb(26, 129, 194)]BiocViews, 假设我们需要安装一个名为EBImage的包
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)

可以同时安装多个包
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))

三:升级安装的包
Bioc的包尤其是那些开发版本的包,升级的非常频繁,如果需要同步更新的代码,需要升级。打开新的R。运行


source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())


升级所有已经安装的包,运行


source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)

请阅读update.packages的帮助文档,获得更多的信息。极少的情况下,需要重新编译bioc的包,为了兼容C或者Fortran, 一个方法就是输入并且运行



source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)

这将重新安装所有目前的已安装包,大家需要注意,可能对带宽要求极高。一般不建议进行。

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