paml正选择分析_Lord_Hooze

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paml正选择分析

(2018-06-12 09:41:43)

标签：

分类：进化和免疫

1 准备序列文件

（1）序列是cds，每条序列的长度必须是3的倍数

（2）使用比对软件进行比对

（3）手工校正比对后的序列，删除一些大片段缺失的序列，命名为 man.fa

2 准备树文件

（1）使用上面校正好的序列文件，构建进化树

（2）使用figtree打开构建好的进化树，改格式为nwk，命名为out_tree.nwk。

3 准备程序文件和控制文件

（1）新建文件夹，paml_test,

（2）将codeml codeml.ctl man.fa out_tree.nwk 四个文件同时放在这个目录下

（3）打开codeml.ctl，修改其中的参数。seqfile是序列名，改成man.fa, treefile 后面改成out_tree.nwk

Nsites=0 1 2 7 8, 如果是无根树 model=0

4 运行程序

（1）./codeml

5 结果分析

model 0 考虑整体的dn/ds, omega值是你要的结果

model 7

model 8 单个位点的dn/ds

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