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【转载】R语言包在linux上的安装、卸载

(2018-03-21 09:58:26)
分类: Shiny

R语言包在linux上的安装、卸载

有关install.packages()函数的详见:R包 package 的安装(install.packages函数详解)

R的包(package)通常有两种:
1 binary package
:这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即WinLinux平台下不同。
2 Source package:
此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled)。

以下一些常用的包相关的函数:
.libPaths():查看包的安装目录
library()查看已经安装的包目录
library(mypackage):载入mypackage

getOption("defaultPackages"):查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage'):查看‘mypackage’的帮助
args(function):查看函数的参数
example(function):自动运行该函数帮助文档中的例子,很赞!
demo("package"):展示一些包中demostration需要再看下??
vignette('mypackage'):有的包,特别是bioconductor的包有vignette,用函数查看
openVignette('mypackage'):这个函数也可以查看vignette,更好用一些
RSiteSearch("helpinfor"):搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start():查看已经安装包的详细HTML文档,这个命令非常爽
更新:
search():查看当前载入的包

sessionInfo():查看R中载入的包
methods():查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法(S3S version 3

showMethods(class = "myClass"):查看S4类的方法

findMethods("myMethods"):查看method的代码

class(myObject):查看某个对象的类
getClass(class/package):查看某个class或者包的具体内容

getSlots("class"):查看某个classslot

slotNames(MyObject):查看某个对象的slot

可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值,这个@设计实在是太爽了,可以连续用。


查询包内信息:1. ?function/method:查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
                         2. 
class?graph::graph:查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候,查看其中class的信息,输入??graph后出现一个graph::graph-class
ls("package:mypackage"):查看"mypackage"中的所有对象。

安装source package方法

1
在终端输入 
# R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法,需要解决包依赖问题,即安装此包所依赖的包,安装过程有提示

2
也可以使用Rinstall.packages()函数安装
   
回答:可以使用install.packages()函数安装,而且比较简便,即联网即可装,装了就可用。
  
R
  
install.packages('mypackage')

   回答2:可以使用install.packages()安装本地下载的包,尤其适用于在服务器上安装包

   $ R

   install.packages( c("XML_0.99-5.tar.gz", "http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))


3 Bioconductor
的安装方法
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("mypackage")

 

4 卸载package

remove.packages("mypackage")



remove.packages(utils)
remove.packages()
所属R语言包:utils


remove.packages(pkgs, lib)
参数:pkgs
a character vector with the names of the packages to be removed.
要删除的软件包的名称与特征向量。

参数:lib
a character vector giving the library directories to remove the packages from.  If missing, defaults to the first element in .libPaths().
给一个字符向量库目录中删除软件包。如果缺少,默认的第一个元素在.libPaths()

 

5 查看R及其packageversion

R version: version 或者 R.version

R package version: 

 

6 更新包

update.packages( )  可以定期执行以下

 

7 使用别人安装的包

修改.bashrc文件,添加环境变量Rlib路径

export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library

R中用.libPaths()函数查看lib路径,如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下

 

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