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最近Plos one出了一篇对vina score进行改进的文章

Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0155183

Autodock Vina的打分是十分接近机器学习的一种形式,几个看似比较怪异无法用物理来解释的项,却表现一直不错,虽然不是在分子打分软件里最准的一个,但绝对是靠前的了。Vina的打分含有两个高斯函数项,一个线性相关的疏水作用项,一个线性相关的氢键项,一个罚分项,最后将代表分子柔性的旋转键数目分布到前面5项中。
这里面没有用LJ势计算范德华力,没有静电相互作用。氢键能量也比Autodock score简单。但是Vinardo觉得这还不够,干脆把vina打分的长程attraction给去掉了,旋转键数目也不要了,就剩下四项,打分方程变得
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杂谈

英国著名经济学家、高盛前主管吉姆·奥尼尔(Jim O'Neill)周四表示,中国抗生素滥用问题严重,对抗生素有抗药性的超级病菌每年可能在中国造成百万人死亡,直至2050年将使中国损失20万亿美元。曾提出'金砖四国'概念的奥尼尔去年受到英国政府任命进行抗生素耐药性议题研究。他认为北京应该在明年主办20国集团峰会时,将抗生素耐药性(AMR)列入议程。
    '这是个不分宗教、肤色和种族的问题。' 奥尼尔如是说。'如果我们不着手处理,不管你是逊尼派或什叶派,谁都可能因为抗生素耐药感染而死亡。'

  奥尼尔指出,耐药性所带来的威胁将'中国过去十年的过人经济成就和庞大的未来潜力'置于危险境地。

  '直至2050年,耐药感染可能令中国经济付出20万亿美元的代价,更骇人的是,每年可能造成100万人死亡。'

  由英国首相卡梅伦去年委托进行的研究显示,在未来的35年间,抗药感染可能使全球GDP减少2到3.5个百分点,并且夺走全球1000万人的性命。与抗药感染相比,癌症每年约造成820万人死亡。

  近年来,中国出现许多新
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(2015-03-02 00:39)
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vmd

虚线

pymol

有人说vmd下画虚线不挺简单吗,它本身就支持dashed line。这里,根据checksidechains的插件,改了一下,用一个比较有意思的脚本,画出比较有意思的虚线。

该脚本的好处是可以画各种风格的虚线,并可以换材质,颜色,粗细,虚线间的大小等等,非常灵活。​

首先看一下效果,

​图一:pymol风格

vmd画虚线,pymol风格 

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杂谈

sudo apt-get install build-essential autoconf automake gcc
sudo apt-get install libboost-all-dev zlib1g-dev libpng12-dev libjpeg8 openexr openexr-viewers libopenexr-dev libtiff5-dev
wget https://github.com/POV-Ray/povray/archive/3.7-stable.zip
unzip 3.7-stable.zip
cd 3.7-stable/unix

sed 's/automake --w/automake --add-missing --w/g' -i prebuild.sh
sed 's/dist-bzip2/dist-bzip2 subdir-objects/g' -i configure.ac 
./configure COMPILED_BY='Ximing <biocheming@hotmail.com>' LIBS='-lboost_system -lboost_thread'
make check
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g_mmpbsa的下载:
--------compiling-Gromacs-4.5.5--------
GROMACS需要生成静态库编译
tar zxvf gmx-4.5.5.tar.gz
cd gmx-4.5.5
mkdir build
cd build
cmake ../ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx-4.5.5
make install


-------compiling-APBS-1.3--------------
g_mmpbsa目前不支持APBS-1.4,所以请下载1.2或者1.3
tar zxvf apbs-1.3-source.tar.gz
cd apbs-1.3-source/
./configure --prefix=/opt/apbs-1.3
make 
make install


-------compiling-g_mmpbsa--------------
同样下载压缩包,解压后编译
./configure --with-gmx-include=/opt/gromacs-4.5.5/include --with-gmx-lib=/opt/gromacs-4.5.5/lib --with-apbs-lib=/usr/local
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vmd

box

盒子

it

Jmol里有一个boundbox命令,可以根据选择的原子给加个盒子,vmd里也有一些脚本是给加盒子的,但是还是要稍作修改,以达到Jmol里的功能。将下面的函数保存到 .vmdrc 文件中,vmd启动的时候就会自动加载
#usage: boundbox $selected_atom
proc boundbox {sel} {
     # get the min and max values for each of the directions
     set coords
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(2013-09-04 05:27)
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杂谈

人生何事最艰难,有机屌丝读了研。
两寸硅胶爬岁月,三根柱子过流年。
君不见,停了反应爬块板,一跑跑出十个点。
极性基本差不多,目标产物找瞎眼。
硬着头皮装硅胶,咬牙装到两尺高。
就为这根破柱子,多少博士尽折腰。
不敢加压慢慢流,展开比例最温柔。 
心中祈祷一千遍,过出产物更何求。 
想着长征二万五,终于熬过上下午。 
满心期待盼它纯,紫外灯前一声苦。 
君不见, 
这锅反应真拔群,没有杂点太喜人。 
随手装根小柱子,赶紧过完要出门。 
终于过出产物点,一收收了三十管。 

我和伙伴都惊呆,旋蒸蒸到泪满脸。 
那瓶粗品点挺浓,一过柱子影无踪。 
产物人间蒸发了?剩我凌乱在风中。 

此间辛酸说不尽,有限光阴无限恨。 
可怜辜负好韶光,损身伤体无人问。 
乙酸乙酯满屋香,甲醇丙酮断人肠。 
石油醚兮如洗手,二氯甲烷又何妨。 
误吸硅胶得尘肺,说多满满都是泪。 
用生命在搞科研,工资基本像安慰。 

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(2013-08-04 04:18)
假期时间,一直希望在家还是能SSH到学校实验室的机子.这个问题困扰了我一年多了,这个假期实在忍不住了,决定好好处理一下。

问题症状:(1). 学校实验室内部之间可以SSH;
          (2). 在家里能够ping到学校实验室的机子;
          (3). 在家里不能够SSH到学校实验室的机子,提示no route to host;
         (4). 关掉学校机子上防火墙,并不能使得从家里能SSH到学校的机子。
原因猜测:学校的网关应该关闭了SSH的某些通道。

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    Multiwfn是Lu Tian开发的一个波函数分析工具,主要应用于量化领域。我做的东西也不涉及这么深的东西,但是对于分析蛋白中的一些弱相互作用(氢键,范德化等)还是有相当作用的,具体的分析方法还是得参照她本人的博文:
http://hi.baidu.com/sobereva/item/bb1162d881b8d5ee3cc2cbdc
Yang Weitao在JACS文章中也指出了:通常认为protein-ligand的相互作用是由于成对原子的相互作用,其实不然,protein-ligand相互作用是由很多小的contributions组成的,所以在设计小分子时候,应该全部考虑进去。
但是Multiwfn的安装还是有点绕,作者提供的Linux版本是基于64位RHEL版本的,而桌面linux最流行的还是Ubuntu,于是需要编译源文件。
1. 首先,编译器。这个用的是I
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(2013-01-12 06:16)
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vmd

vmd默认

杂谈

每次打开VMD的时候都要修改显示的参数,其实可以写在启动文件中,linux用户直接在用户文件夹下创建
.vmdrc
windows用户可以直接在vmd的安装目录下创建
vmd.rc
我的默认配置
# turn on lights 0 and 1
light 0 on
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