16世纪后期至17世纪初，锡伯族被满洲统治者征服，编入了八旗蒙古和八旗满洲。在100多年中，锡伯族人民从自己长期聚居的地区分散到许多地区，被迫进行了四次大迁徙：第一次是康熙三十一年（1692年），脱离了科尔沁蒙古，被编入满洲八旗；第二次是康熙三十八年至四十一年（1669年—1702年），锡伯族部分入盛京（今沈阳）；第三次是乾隆二十九年（1764年），有1016人被征调到新疆戍边，携同随军家属2千多人。从此，锡伯族分居东北、西北两地。青年人充当“披甲”，服役当差，闲散附丁和家属则从事农副业生产。第四次是乾隆三十四年（1779年），派1000名锡伯士兵驻守云南要塞。八旗制度使锡伯族处于清朝的直接统治之下，经济生活和社会组织都发生了急剧变化，由原来流动性较大的渔猎经济转向稳定的农业经济。

    锡伯族勤劳勇敢，为开发和保卫祖国的边疆作出了贡献。移居新疆的锡伯族人民对于伊犁、塔城和博尔塔拉地区的农田水利发展起了很大作用。乾隆三十二年（1767），新疆锡伯族被编为八个牛录（旗），于伊犁河流域屯田驻守。嘉庆七年（1802），在锡伯营总管图尔根支持下，经过艰苦奋战，从察布查尔山口引水，自崖上开凿大渠，终于引来伊犁河水灌溉良田，故取名为“察布查尔渠”，意为“粮仓”。锡伯族人民先后定居在大渠南北。其后，又与八旗兵一起，先后在伊犁、博尔塔拉、塔城等地开凿一些水渠，开垦了10余万亩良田，并使当地一些兄弟民族学到许多农业生产知识和技术。

    19世纪20年代，英殖民主义走狗张格尔披着宗教外衣，在南疆煽动叛乱。锡伯营官兵800余人应征随同清军出师讨伐，在追歼残敌的喀尔铁盖山战斗中，生擒张格尔。接着，他们在反抗伊犁地区“苏丹汗国”，抗击沙皇对伊犁的殖民统治的斗争中，英勇不屈。1876年，当清军收复新疆时，他们在总管喀尔莽的带领下，积极配合，为收复南疆和伊犁作出了贡献。