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一个人就是一个叠加态
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关于我
凝聚态物理专业。
这里放的博文主要涉及与自己专业及兴趣相关的计算物理方法,有自己写的也有转载的或从网上摘录,转载跟摘录的博文都会有标注。
这个博客权当笔记本用。
本人是初学者,如果来客发现博文中有什么不对的地方,希望能够指出。如果需要更多交流,欢迎发邮件:
lipai@mail.ustc.edu.cn
博文
需要linux系统如ubuntu,没有可以在windows下安装ubuntu子系统
找不到convert命令,先安装: sudo apt-get install convert

图片切除白边
convert -trim input_image output_image
Use -fuzz to make -trim remove edges that are nearly the same color as the corner pixels.

图片堆叠
左右堆叠
convert image1.png image2.png image3.png +append result/result-sprite.png
上下堆叠
convert image1.png image2.png image3.png -append result/result-sprite.png

PDF合并
convert file1.pdf file2.pdf merged.pdf
或者pdfunite in-1.pdf in-2.pdf in-n.pdf out.pdf

PDF抽取
pdftk test.pdf cat 5-10 output out.pdf  #抽取5-10页输出到out.pdf

PDF压缩
ps2pdf input.pdf output.pdf

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(2019-01-14 15:53)

尝试一下Markdown在新浪博客上的效果, 格式转换用chrome的扩展程序“markdown here”实现


  
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(2018-03-01 18:42)
分类: Vasp
关于VASP计算的能带画图,除了前一篇文章讲到的方法。我自己也写过一点后处理脚本。
首先是bash脚本:
 band.sh ::       #edit by lipai@mail.ustc.edu.cn       #get num of band       num=`grep NBANDS OUTCAR |awk '{print $NF}'`       E_fermi=`grep E-fermi OUTCAR | awk '{print $3}'`       grep 'band No.' OUTCAR -A $num >temp       echo '' >>temp       split -l 26 -d temp bands       for i in bands*; do sed -i '$d' $i;awk -v num=$i 'BEGIN{printf('%s\t',num)};{if(NR>1) printf('%f\t',$2)};END{printf('\n')}' $i >>band.dat; done       sed -i s/bands// band.dat       rm bands* temp       python plot_band band.dat $num $E_fermi 
这个脚本从OUTCAR中将能带数据
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分类: Vasp
Pymatgen是一个优秀的材料分析python库。
官网: http://pymatgen.org/

这个库提供了VASP计算后处理的一些方法。下面给出画态密度和能带的用法:


  画DOS ::      %matplotlib inline     from pymatgen.io.vasp import Vasprun     from pymatgen.electronic_structure.plotter import DosPlotter      v = Vasprun('Si-dos/vasprun.xml')     tdos = v.tdos     plotter = DosPlotter()     plotter.add_dos('Total DO
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(2018-02-28 19:53)
最近写的一个子程序,没用上,放在这里。计算三个球的交点

subroutine find_intersection(coord_nb,R_nb,att_coord,flag_sphere)
   ! Find the intersection of three spheres
   ! Implementation based on Wikipedia Trilateration article
   ! https://en.wikipedia.org/wiki/Trilateration 
     implicit none
     double precision, dimension(3),    intent(inout)  :: att_coord
     double precision, dimension(3,3),  intent(in)     :: coord_nb
     double precision, dimension(3),    intent(in)     :: R_nb
     logical,                           intent(out)  :: flag_sphere
 
     double precision, dimension(
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The Wulff construction is a method to determine the equilibrium shape of a droplet or crystal
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(2018-02-27 23:07)
python的sympy库可以实现类似matlab的符号计算
官网: http://www.sympy.org/zh/index.html

春节在家,有朋友问我一个小问题,问要让绿色物体平衡,对红色物体的推力要多大
我比较懒,不想笔算,就用sympy写了个小代码,来解决这一类多物体受力平衡问题
代码如下
from sympy import *
u=Symbol('u')
v=Symbol('v')
w=Symbol('w')
x=Symbol('x')
y=Symbol('y')
z=Symbol('z')
print('This program solves force equilibrium equations between objects')
print('Force input in polar coordinates format')
print('Use x/y/z/u/v/w as unknown numbers!!!')
obj_num=0
obj=[]
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 termux是安卓平台上一个很强大的工具,可以通过apt install 安装linux各类软件(vim,git,openssh,python等) 最新版本为5.3, 下载地址为 
 https://f-droid.org/packages/com.termux/ 
 下面介绍python平台的搭建 
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分类: Vasp
[摘录自网络]
Partial charge density计算或称为Band decomposed charge density计算,即计算特定的某个(或某些)k点和本征值(这些k点和本征值是相互对应的)所对应的本征波函数的平方(也就是电荷密度)。特别是用在 STM的计算中,以及分析特定能量范围内或能量点的化学键特征(或atomic characteristic)。

作图可用VESTA读CHGCAR

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分类: Vasp

(可能看不到公式,可以看这个链接

vtsttool提供的生成初始结构的方法(nebmake.pl,详见我的博文)是线性插值,简单来说就是:


其中
后来Hannes Jónsson等人在2014年发表了一篇文章:Improved initial guess for minimum energy path calculations
里面讲到一种名为IDPP的方法来简单优化初始的线性插值的结构。其主要思想是避免插值的image结构中某些原子相距太近。
基本的公式如下:
目标函数(可视为能量):


伪力:



 

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