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杂谈

分类: 统计遗传学

MIREAP is a tool which can be used to identify both known and novel microRNAs from small RNA libraries deeply sequenced by Solexa/454/Solid technology.

 

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杂谈

分类: 统计遗传学

第二次看到这个理论,不由自主相信了,也许验证了生命的产生和群体扩张的一系列过程。
染色体畸变,产生不同于人类的基因组,具有自我复制能力,自我繁殖,属于新的生命。
寄生于人体,吸取人体,有自我觅食的能力。
癌细胞群体在扩张的时候满足孟德尔群体遗传的模型,
逼迫自己不得不重新审视这个神奇的家伙!
如果是新生的生命力强的物种也许会带来治疗思想上的变革。
任何一种生命力强的东西,想使其灭绝,困难实在太大,
带来直接的后果是绝地反弹,和系统的崩溃。
也许像拦洪大堤一样,不能堵死,总要留一个缺口。
总要给他人留条生路。
Is carcinogenesis a form of speciation?
Since cancers have individual clonal karyotypes, are immortal and evolve from normal cells treated by carcinogens only after exceedingly long latencies of many months to decades—we deduce that carcinogenesis may be a form of speciation. This theory proposes that carcinogens initiate carcinogenesis by causing aneuploidy, i.e., losses or gains of chromosomes. Aneuploidy destabilizes th

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杂谈

分类: 统计遗传学

An Alphabetic List of Genetic Analysis Software

http://linkage.rockefeller.edu/soft/list1.html

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杂谈

分类: 统计遗传学
GO (gene ontology)中节点的关系有两种,is-a 与 part-of
(1)is-a
这个比较简单,是简单的子集关系,比如condensed chromosome ‘is-a’ chromosome 表明前者是后者的子集。
这种关系是,只要有后者就有前者,同时前者是后者的子集关系。
 
(2)part-of
稍微朦胧一些,是宽泛一点的子集关系,比如 nucleolus is ‘part-of’ nucleus。
这种关系是,有后者不一定有前者的关系。也就是说如果存在nucleolus 则nucleolus 是nucleus的子集,但有的时候却未必有nucleolus。
如果还不好理解的话,再举个例子,鞋带是鞋的一部分,但有的鞋没有鞋带,这种关系就是part-of关系。
 
注:
GO数据库中  graph_path.sql文件与graph_path.txt文件
graph_path.sql中的主要内容为:
 

DROP TABLE IF EXISTS `graph_path`;
CREATE TABLE `graph_path` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `term1_id` int(11) NOT NULL,
  `term2_id` int(11
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杂谈

分类: 统计遗传学

也许是生命科学问题涉及久了,也许很多事情冥冥之中自有一套规则在控制,其中包括爱情。
希望我的这些理论有朝一日能够帮助情窦初开的少年们从理论角度认识男女之间的感情。
不多说废话,开始探讨一些恋爱的理论。
 
任何两个无关的男生和女生,在随机的情况下都可能相遇。
这种相遇是随机的,也就是说这两个个体是独立的,
用统计学的独立的基本原理来解释就是,P(AB)=P(A)P(B)。
也就是说如果对某个地区进行观察的话,如果这两个人出现的概率满足P(AB)=P(A)P(B),则这两个人为陌生人。
如果满足P(AB)not=P(A)P(B)则这两个人必然有关系。  (公式编辑也不好使啊,真愁人!!)
而差值的大小 d=P(AB)-P(A)P(B)则可以用来度量两个人的关系程度,d>0则表示两个人在一起的情况要比随机情况多,也许这两个人从相识到相知,然后开始慢慢恋爱了,如果d<0,则表示两个人分开的时刻要比随机情况多,也许此时两个人厌烦或者吵架了。
两个人从陌生人到相知到相爱的过程中,d的值是逐渐增大的,
最大的情况就是一方完全的依赖于另一方,两个人帖在一起,
这两种情况就是,利用集合的关系

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(2011-11-01 22:25)
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杂谈

分类: 统计遗传学
小鼠的变异组文章发布了,最新一期nature,WTCCC的
1、Mouse genomic variation and its effecton phenotypes and gene regulation
2、Sequence-based characterization of structural variation in the mouse genome
 
 
数据开放ftp:
mous基因组
mous hapmap
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杂谈

分类: 统计遗传学
慢慢整理常用的统计遗传学原理,该系统化一下了。
希望有朝一日能形成一本《统计遗传学原理》的书
在高通量技术的推动下,统计遗传学不断的发展,许多常用的原理,慢慢收集中。。。
接下来一段时间内将以收集基本原理为主,没有什么系统的顺序性,慢慢再理顺,
采用软件的升级方式,V1.0,2.0.......版本慢慢升级,届时将发布pdf版本的。
希望读者要有足够的耐心,因为只是业余时间才整理这些东西,目的是加深对基因组的理解,和实用。
有什么问题,大家留言哈
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杂谈

分类: 统计遗传学

对于统计遗传学,已经存在很多经典的定义,但在高通量数据的今天,之前的一些关于统计遗传学的描述也许已经跟不上时代的潮流。随着高通量数据尤其是高通量SNP芯片和新一代测序技术的发展,越来越需要优秀的统计算法和计算机程序的介入,因此我在这里给新一代统计遗传学下一个定义,希望符合时代的步伐。

 

统计遗传学,是利用统计学的方法,借助计算机的实现手段,研究生命体基因组的遗传和变异的一门学科。

 

以下是几点标注:

1、研究的核心问题是基因组的遗传和变异,这是第一位的,也是本质,不能偏离,一切的目的是服务于对生命本质问题的探索。

2、使用的方法是统计的基本原理,其实就目前的发展来看不仅局限于经典的统计学原理本身,相关的一些数学原理也常常被使用。

3、由于现在数据的通量比较大,传统的计算方式已经不能满足数据处理的要求,在预处理这些高通量数据时通常使用perl、python等,在进行统计计算时,通常采用R,matlab,SAS等来进行实现。一些经典的统计遗传问

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杂谈

分类: 统计遗传学
SNP全称是单核苷酸多态,single nucleotide polymorphisms (SNPs)。
但是有些文献中却频频出现非多态SNP,nonpolymorphic SNP,这是为什么呢。
原因很简单,SNP是群体概念,在测量SNP的时候或序列比对鉴别SNP的时候会使用到原始SNP序列。
原始SNP序列的构成为两个侧翼序列加上中间变异位点序列:
例如:dbSNP中的rs25这个SNP,如下:
 
CTCTGTGAGCTTCTGCATGCAATCCT[A/G]TGCAATTGGAATTTGATAGTCCTTT
 
表明人类在这个位点存在两种多态A/G
但是在某个群体内却未必存在多种状态。比如在某个国家,这个位点只出现A,没有出现G。
那这个SNP在你研究的这个群体就称为非多态SNP,nonpolymorphic SNP。
 
这样的位点对于分析群体来说,所有人都是相同的,在没有差别没有鉴别力的分析中起不到作用,因此需要被从研究中移除。
哈代温伯格平衡检验应该可以剔除这类的位点。
 
参考文献
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很久以来一直想做一个关于计划生育对文化的影响的研究,纯学术讨论。
 
其实姓氏文化在几千年的繁衍和传承过程中的发展,和人类社会的繁衍一样,不妨可以称之为—中国姓氏遗传学!
 
题目暂定为“计划生育政策对人口姓氏的影响”,有时间就写点,仅供探讨!
凡事必有两面,计划生育在控制人口数量的确起到了不可忽视的作用,但也在其他方面有着深远的影响。
姓氏是几千年来文化的传承,在自由生育的条件下可以稳定的传承。
通常情况下计划生育干预的办法为,一对夫妇一个孩子,在某些领域内称之为核心家庭。
中国姓氏的传承有其特殊性,大多数的情况下,后代都随父亲姓,少数情况下随母姓。
如此推算一对夫妇如果姓氏不同,则后代会减少一个姓氏。
更进一步,如果后代是女孩,则如果女孩丈夫的姓氏和女孩父母的没有重复,则会减少两个姓氏。
对于单个家庭是这样,如果上升到群体,则升级为姓氏之间的战争。
也可以说是姓氏在某种条件下的选择行为,无干政策预时是自然选择,有政策干预是人工选择。
不管哪
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