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刘和奇
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博文
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生物芯片

学习

分类: 生物芯片

      生物芯片在组学研究极具优势,可以说生物芯片是为组学而生的。

      基因组学的两个阶段:HGP→功能基因组学。

      药物基因组学:基因变异所致的不同疾病对药物的不同反应,重要相关的是SNP的分析。这个与SNP分析和Signal-expression_r_r_r_r-Pathway相关。

      蛋白质组学内容之一就是表达蛋白质组学。相关:高通量蛋白质数据。

      蛋白质组学和转录物组学都是有时空特异性的,前者是后者的一个结果。

      代谢组学是指生物体变化前后代谢产物图谱及其动态变化。

      对于蛋白质芯片

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(2009-11-23 18:10)
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教育

生物芯片

技术

学习

分类: 技术方法

    上周五接触到一个客户,是做CHIP-on-chip的,,这玩意儿听说过却不知道是啥,赶紧搜搜看看。现在具体细节不清楚,至少知道个全貌了。

    CHIP是染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay )的缩写,敢情师兄天天鼓捣的co-IP也是这玩意儿啊,这个东西是目前唯一的研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。咱可孤陋寡闻了。

    CHIP-on-chip就是先用特异性抗体把目的组蛋白特异地沉淀下来,当然也包括上面缠绕的DNA,再把DNA单独拿出来去扩增,最后再上芯片,就是这么个过程咯。

    话说wiki真是个好东西啊!以下是wiki上介绍的CHIP-chip。

    分为三大步骤,这样的一个流程关系:

    靠这个图我还学会了俩名

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(2009-11-08 23:07)
标签:

学习

技术

测序

教育

分类: 技术方法

 

    先来一句不怎么靠谱又很离题的资料信息:2006年,整个芯片测序市场大概价值8亿美元,其中65%的市场份额都是有关基因表达谱分析产品的,剩下35%的市场份额则由基因型分析芯片占据。

 

    高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deep sequencing)。

    自从2005年454 Life Sciences公司(2007年该公司被Roche正式收购)推出了454 FLX焦磷酸测序平台(454 FLX pyrosequencing platform)以来,曾推出过3730xl DNA测序仪(3730xl DNA Analyzer)的Applied BioSystem(ABI)这家一直占据着测序市场最大份额的公司的领先地位就开始动摇了,因为他们的拳头产品毛细管阵列电泳测序仪系列(series capillary array electrophoresis sequencing machines)遇到了两个强有力的竞争对手,一个就是罗氏

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学习

生信

文献

教育

分类: 《生物信息学与功能基因组学》

从第一章后面选了三篇文章来看,争取周末看完。

第一篇是Altman

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(2009-11-05 22:43)
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教育

分类: 杂志

    NPG集团全名是Nature Publishing Group。旗下有诸多杂志、数据库、网站等产品,最著名的自然是其母刊<Nature>了。

    <Nature>创刊于1869年,第一篇文章是11月4日出版的杂志上赫胥黎(T. H. Huxley)的。1983年旗下第一本子刊<Nature Biotechnology>创刊。1996年,杂志网站开通。1999年,NPG成立。

 

    NPG旗下的杂志众多,具体list参见http://www.nature.com/siteindex/index.html,我这才注意到比如EMBO J、Molecular Systems Biology、Scientific American这些杂志也是NPG旗下的哦。

 

    Nature及其子刊群:

·                                 Nature

 

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(2009-11-05 22:29)
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教育

分类: 《生物信息学与功能基因组学》

    首先是两个概念:生物信息学(Bioinformatics)与计算生物学(Computational Biology)

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标签:

教育

分类: 《生物信息学与功能基因组学》

     这本书买了两年了,才开始看,罪孽啊!

     英文名字是<Bioinformatics and unctional Genomics>,中文名也老老实实直译了。作者是Johnthan Pevsener(乔纳森·佩夫斯纳),是John Hopkins School of Medicine的一位教授。作序的是Stanford的Russ Altman,该大牛是何许人也我还不知道,才疏学浅啊!不过第一章的推荐阅读里就有该大牛的文章。

     译者是清华的孙之荣团队。

     全书三篇共十八章,六百多页,乐观的话能在年底前学习完毕。

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