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吴钩白
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分子动力学

分类: 分子模拟

使用acpype对UCSF Chimera处理后结构进行计算,有时会出现Errno2,利用acpype -di ***.mol2 -c user

可以得到更详细的报错信息,如下:

=================================================================================================

 

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分类: linux
原文地址:OpenPBS使用详解作者:rainbowj234

PBS(Portable Batch System)是由NASA开发的灵活的批处理系统。它被用于集群系统、超级计算机和大规模并行系统。PBS主要有如下特征:

易用性:为所有的资源提供统一的接口,易于配置以满足不同系统的需求,灵活的作业调度器允许不同系统采用自己的调度策略。

移植性:符合POSIX1003.2标准,可以用于shell和批处理等各种环境。

适配性:可以适配与各种管理策略,并提供可扩展的认证和安全模型。支持广域网上的负载的动态分发和

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分类: 分子模拟

通过Gromacs mail listhttps://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg03105.html的讨论,

以及VMD Hbonds Plugin的介绍(http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/hbonds/),可知VMD Hbonds Plugin中实际计算氢键的定义如下:

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分类: 分子模拟

如果想要计算AB两个组分之间的相互作用面积interface area,单个pdb结构的面积可以通过pymol进行计算。轨迹中的,则需要用到vmd和下面这个脚本:


set n [molinfo top get numframes]

set myfile [open output.txt  w ]

for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } {

  set polymer [atomselect top '

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(2016-09-01 10:08)
分类: 分子模拟

部分内容转自Sensenbobo大神的文章

1.      利用cpt文件

mpirun -n 27 mdrun_mpi -s md.tpr -cpi md.cpt -append -o md.trr -x md.xtc -c md.gro -e md.edr -g md.log

大致命令如上,即连着之前所输出的文件进行继续写入,如果有相同的帧会被覆盖掉。比较特别的

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杂谈

“旅行是一段沿着大地的皱褶,进入全然迷离之境的旅程。其中最大的不确定性,不是抵达,而是如何抵达” 这是全书中我最喜欢的一句话,人生也是如此,我们始终在人生的旅行中做着各种各样的选择,是选择“安全快捷”的方式直抵终点,还是选择稍微冒险些的方式,挑战一下自我,说不定能看到更多更美的风景。我也正处在这样的人生岔路之中,希望自己有足够的勇气和决心选择后一条路,也期待着好消息的降临。很抱歉拖了这么长的时间,是时候进行下一段旅行了!午夜降临前抵达召唤D君。


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[原创]gromacs决定力场参数的方式(updated 2009-Apr-5) sobereva
2008-12-22 00:52

gromacs决定力场参数的方式 文/sobereva last updated: 2009-Apr-5

Q:
43a1力场中,有的键长、键角、二面角都是空白的,只有原子的信息,这种情况是不是constraint啊?

比如这样:

   51    91           
   52  

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分类: 分子模拟
  
#上一个博文中介绍用vmd提取dssp计算的二级结构,生成sec4traj.txt数据文件。然后就是需要做图,如同gmx的do_dssp生成的类似的图。
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(2016-05-10 23:05)
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分类: 生化
原文地址:氨基酸分类作者:Calm
氨基酸分类
一、总表
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分类: 其它

正则表达式是一个包含普通文本加上指示为扩展特殊字符的搜索字符串的搜索选项。正则表达式允许更多的高级搜索和替换。

例如,您可以使用正则表达式“[0-9]”查找任何的数字。同样地您可以使用正则表达式“[^0-9]”查找任何匹配的非数字的字符。

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